Ученые утверждают, что строительство Багаевского гидроузла приведет к обмелению Дона и массовой  гибели рыбы. 
Об этом на специальном совещании 12 марта  говорили специалисты Азовского научно-исследовательского института рыбного хозяйства. По мнению ученых, ввод в эксплуатацию этого объекта приведёт к обмелению Дона и гибели рыбы. "Настало время выбирать между нуждами судоходства и обеспечением питьевой воды для населения".

"Если мы будем использовать Дон в таком направлении дальше — то есть будем развивать гидростроительство, то мы окончательно утратим реку Дон как промысловую. Даже о спортивной и любительской рыбалке  говорить не придётся. Кроме того, мы получим ухудшение эпидемиологической ситуации. По большому счёту, в конце концов мы доведём реку Дон до состояния реки Темерник", — поясняет заместитель директора Азовского научно-исследовательского института рыбного хозяйства Владимир Белоусов.  Река Темерник в Ростовской области, напомним, стала абсолютно мёртвой из-за "хозяйственной деятельности человека". Ежегодно на её восстановление  выделяется по 200 млн рублей, но каких-либо значимых результатов пока не наблюдается.

Багаевский гидроузел предполагается построить на реке Дон в створе хутора Арпачин.  Строительство ведётся в соответствии с Федеральной целевой программой "Развитие транспортной системы России на 2010 - 2020 годы". Учёные бьют тревогу с самого начала изыскательских работ, ещё с 2011 года, но к их мнению пока особо никто не прислушивается.